無論看起來多清澈的水， 都可能含雜質和細菌。 其中， 雜質的主要成分是礦物質、鐵銹等， 會沉澱形成水垢， 其本身對健康影響不大， 但如果長期、大量積累在飲水機中， 則會對健康產生不利影響。 同時， 還會影響水的流動性， 為細菌繁殖創造條件， 人們喝了細菌超標的水， 可能引起腹瀉等問題。 建議平時使用飲水機注意以下三點。
首先， 提高使用頻率。 《呂氏春秋》中說：“流水不腐， 戶樞不蠹(dù)”， 意思是流動的水才不會發臭， 經常轉動的門軸不會被蟲蛀。 經常使用飲水機就相當於頻繁地用流水沖洗， 能減少水垢沉積和細菌繁殖。 平時用得少的家庭， 一周應洗1次;每天頻繁使用的， 每1~2個月保證清洗一次。
其次， 及時清理水龍頭和水槽。 飲水機的水龍頭和水槽經常和空氣接觸， 如果接水時杯中的牛奶、果汁、咖啡等接觸到水龍頭， 應及時用清水沖洗並擦乾。 水槽中不應有茶葉等異物，
最後， 2~3個月清洗一次水桶接槽處。 有時桶裝水看起來空了， 但水桶接槽處還有積水， 這些水和空氣接觸後會加快細菌繁殖， 所以每次應先將水排空再換水。 一般建議每2~3個月清洗一次接槽， 如果換水時發現接槽內有白色或黃色的水垢， 應及時清洗。 操作方法是：首先閱讀說明書清洗事項， 再切斷電源， 將水槽中的水排空， 然後用專用清洗液清洗。 如果水槽外殼可取下， 建議清洗後多用清水沖幾次再擦乾;如果不能取下， 用清潔劑清洗後加入清水， 再用水龍頭放出， 直至沒有異味為止。 長期未使用的飲水機內可能積累了較多細菌， 應請專業人士清洗， 以免損壞機器。
此外， 飲水機水流變小、燒開水時間延長， 都是飲水機發出的“清洗信號”。 飲水機熱水開關一開一天或從來不關的習慣， 會加速積累水垢， 縮短機器使用壽命， 建議最好在需要熱水時再加熱。
有些家庭使用的是過濾型飲水機， 這類飲水機通常不能拆開清洗，
