瑪瑙的染色， 須是屬酸化物或炭素等的無機染料， 以穩定性強的染料為佳， 瑪瑙為微粒結晶體， 在結晶的空間有些細微的空隙， 這與一般的單細結晶體不同， 所以在瑪瑙的結晶空隙裡， 用屬鹽溶液加以浸透有其可行性， 最主要使用加熱法， 使其酸化， 或用第二液體浸透使其內部無機染反應， 總之若無法讓著色劑滲透， 進入結晶空隙， 便無法達到染色之目地。 至於有說染色後的放射性物質， 確實是個誤會， 滲透不是輻射。
染色瑪瑙的原料要求：
1、結構要求瑪瑙的結構密度小， 有微孔隙的這類品種易著色， 而密度大的色料不易浸入， 很難加上顏色。 高博禹等對其結構進行電子顯微鏡研究提出“三上色， 五不上色”。 三上色是具有人字形肋骨狀長纖維狀的瑪瑙能上顏色， 且效果很好。 具波浪狀長纖維結構的瑪瑙能上顏色。 多世代細長纖維結構的瑪瑙能上顏色。
2、顏色為了使瑪瑙染成人們需要的顏色，
瑪瑙化學染色工藝
預處理：
瑪瑙進行化學染色工藝操作前， 先要將瑪瑙進行處理， 一般稱它為預處理， 方法如下：
（1）用蘇打（碳酸氫鈉）溶液浸泡（若加熱更好）， 主要去除油脂狀物質；
（2）用5%左右的稀鹽酸浸泡（若加熱更好）， 主要去除中工過程中留下的鐵跡；染色紅瑪瑙雕刻
染色紅瑪瑙雕刻
（3）用較濃的硝酸浸泡瑪瑙-~2天， 然後將瑪瑙慢慢加熱至沸， 停止加熱至室溫後取出， 用水沖洗幾遍， 這樣可把瑪瑙孔道中的雜質儘量清洗掉， 為著色試劑進入瑪瑙孔道掃清道路。
配試劑溶液：凡第一種浸泡瑪瑙的試劑溶液， 要配成濃溶液， 甚至可以用過飽和溶液；第二種浸泡瑪瑙的試劑溶液要配成稀溶液， 大約10%左右， 否則反應太快， 會產生大量的難溶于水的有色沉澱， 容易堵塞瑪瑙表面的孔道， 影響後邊的化學反應向中心擴展。
加熱恒溫浸泡：瑪瑙中的孔道在加熱情況下會膨脹， 有利於化學試劑進入瑪瑙孔道， 所以加熱浸泡較好， 但水在100攝氏度會煮沸， 溫度太高會使溶液大量蒸發， 從而改變溶液的濃度， 甚至被煮幹， 所以控制在70攝氏度左右為好。 方法是將浸泡瑪瑙的容器放入烘箱中恒溫70攝氏度左右加熱， 加熱的時間視染色瑪瑙的大小而定，直徑為10MM的瑪瑙球一般恒溫20天左右即可。
沉澱反應操作：
凡是要加第二種化學試劑進行反應產生難溶于水有色沉澱的操作如下：把瑪瑙從第一種化學試劑溶液中取出來，用水清洗瑪瑙表面烘士，然後投入第二種化學試劑溶液中浸泡，進行化學沉澱反應，此步驟有的不用加熱就可完成反應，有的要加低溫使其快速反應。操作時要定期觀察，將顏色達到要求的瑪瑙取出來，否則顏色會太深，通常取出後只要用水將瑪瑙沖洗乾淨，再用由擦乾就可以了，也可在105攝氏度下加熱去除表面吸附水。
熱處理工藝：
對於只需一次化學試劑浸泡，然後進行加熱分解化學試劑成不溶于水的有色氧化物的操作，我們稱熱處理工藝，方法是：取出己經浸泡好的瑪瑙，用水沖洗表面，然後在105攝氏度下恒溫烘烤24小時（去表面吸附水），最後把瑪瑙埋在砂子中進行加熱，由於瑪瑙的傳熱性不好，如果加熱太快，表面和內部的溫差太大時，瑪瑙會炸裂，所以，瑪瑙進行熱處理時要慢慢加熱，同時埋在砂子中進行加熱，可以使加熱溫度比較均勻。其升溫速率每小時升10度為好，達到選擇的最高溫度後，為了使分解反應徹底，也要保持一定時間，一般恒溫2小時以上，與升溫時一樣，在降溫時也要慢慢降，降溫速率以每小時10度為好，到達80度後可以斷電，但必須放在烘箱中自然降至室溫再取出，切忌在高溫時把門爐門打開，以免瑪瑙炸裂。
後處理：
進行染色後的瑪瑙可以上蠟，也可以不上蠟，但對於用二次化學試劑進行反應染色瑪瑙最好上蠟。
加熱的時間視染色瑪瑙的大小而定，直徑為10MM的瑪瑙球一般恒溫20天左右即可。沉澱反應操作：
凡是要加第二種化學試劑進行反應產生難溶于水有色沉澱的操作如下：把瑪瑙從第一種化學試劑溶液中取出來，用水清洗瑪瑙表面烘士，然後投入第二種化學試劑溶液中浸泡，進行化學沉澱反應，此步驟有的不用加熱就可完成反應，有的要加低溫使其快速反應。操作時要定期觀察，將顏色達到要求的瑪瑙取出來，否則顏色會太深，通常取出後只要用水將瑪瑙沖洗乾淨，再用由擦乾就可以了，也可在105攝氏度下加熱去除表面吸附水。
熱處理工藝：
對於只需一次化學試劑浸泡，然後進行加熱分解化學試劑成不溶于水的有色氧化物的操作，我們稱熱處理工藝，方法是：取出己經浸泡好的瑪瑙，用水沖洗表面，然後在105攝氏度下恒溫烘烤24小時（去表面吸附水），最後把瑪瑙埋在砂子中進行加熱，由於瑪瑙的傳熱性不好，如果加熱太快，表面和內部的溫差太大時，瑪瑙會炸裂，所以，瑪瑙進行熱處理時要慢慢加熱，同時埋在砂子中進行加熱，可以使加熱溫度比較均勻。其升溫速率每小時升10度為好，達到選擇的最高溫度後，為了使分解反應徹底，也要保持一定時間，一般恒溫2小時以上，與升溫時一樣，在降溫時也要慢慢降，降溫速率以每小時10度為好，到達80度後可以斷電，但必須放在烘箱中自然降至室溫再取出，切忌在高溫時把門爐門打開，以免瑪瑙炸裂。
後處理：
進行染色後的瑪瑙可以上蠟，也可以不上蠟，但對於用二次化學試劑進行反應染色瑪瑙最好上蠟。
